Erbaut von 1762 bis 1769 stand es bis 1935 an seinem ursprünglichen Ort in der Poststraße. Das Palais musste wegen der Erweiterung des Mühlendamms für den Bau der Schleuse abgetragen werden. Danach lagerten seine Fassadenteile fast unbeachtet über 40 Jahre im Bezirk Wedding, bis der Plan entstand, das Gebäude in der Markgrafenstraße in Kreuzberg wieder zu errichten.

Im Vorfeld der 750-Jahrfeier beschlossen Senat und Abgeordnetenhaus von Berlin, die Spolien im Rahmen eines größeren Kulturgüteraustausches nach Ostberlin abzugeben. Anschließend und im Zuge der Neugestaltung des Nikolaiviertels wurde das Ephraim-Palais schließlich nur wenige Meter von seinem ursprünglichen Ort wieder aufgebaut.

Seit dem Wiederaufbau wird das Gebäude auf drei Etagen für Sonderausstellungen genutzt, zusätzlich befindet sich hier die grafische Sammlung des Stadtmuseum Berlin.
Das Palais hat also eine Gesamt-Berliner Vergangenheit. Diese wird nun mit der kommenden Ausstellung „WEST:BERLIN | Eine Insel auf der Suche nach Festland“ fortgeschrieben.